本會設立基金共新臺幣三千零五十萬元整,由教育部捐助二千萬元,中華民國私立大學校院協進會、中華民國私立教育事業協會、中華民國私立學校文教協會各捐助三百五十萬元。前項基金以運用孳息為原則,未報經教育部許可,不得動用基金。嗣後並得繼續接受國內、外工商界、公私立機構、團體或個人之捐贈。近年來本會會務所需之經費來源,除基金孳息外,由教育部每年補助一百萬元。